Joseph Hubertus Pilates nacque nei pressi di Dusseldorf, in Germania, nel 1880 e morì nel 1967 a New York.
Da bambino era cagionevole e tormentato da malattie come rachitismo, asma e febbre reumatica. Il desiderio di superare tali disturbi lo portò ad esplorare e praticare body building, ginnastica, immersioni ed altre attività fisiche. Studiò filosofie e forme di esercizio orientali e occidentali, e fu fortemente influenzato dagli antichi programmi ginnici greci e romani. Questo ricco bagaglio lo portò a fondare, grazie alle sue esperienze, un innovativo sistema a cui si dedicò per tutta la vita.
Nel 1912, intraprese un viaggio verso l'Inghilterra. Allo scoppiare della prima guerra mondiale, Pilates fu internato in un campo vicino a Lancaster, insieme ad altri connazionali tedeschi. Durante questo periodo, insegnò e praticò il suo programma di esercizi.
Al sopraggiungere dell'epidemia di influenza del 1918-1919 nessuno dei detenuti che seguiva il suo programma di allenamento quotidiano, si ammalò. Questo fatto richiamò l'attenzione dei comandanti e venne trasferito all'ospedale dell'isola di Man, dove prese in carica 30 pazienti. Li fece lavorare ogni giorno al fine di rinforzare le parti del loro corpo che erano in grado di muoversi.